Музей открылся в 1962 г. в западном крыле монастыря Жеронимуш. Зал эпохи Великих географических открытий иллюстрирует развитие кораблестроения с середины XV в. На макетах видно, как постепенно переходили барка к каравелле с косым «латинским» парусом, более скоростной каравелле с прямой парусной оснасткой и более крупному кораблю. Здесь же выставлены астролябии, навигационные приборы и копии карт XVI в. Здесь же можно видеть и разнообразные падранъо — колонны с высеченным крестом Ордена Христа, которыми отмечались пораугальские владения.
Рядом с этим залом размещены модели современных португальских кораблей и королевских судов (например, изысканная обстановка обшитой деревом каюты королевской яхты «Амелия», построчной в Шотландии в 1900 г.).
Современный павильон Чапротив вмещает первые королевские барки, экспозиция заканчивается выставкой Гидросамолетов.